VirtualBoxでは、作成した仮想マシンの仮想ハードディスクのクローンを作成することができます。
そのためには、CLI/Command Line Interface用の[VBoxManage/vboxmanage]コマンドのサブコマンド[clonehd]を使います。
尚、[--format]オプションに対応形式を指定すれば、VirtualBoxの仮想ハードディスク形式VDIだけでなく、VMware用のVMDKやHyper-V用のVHD等々に変換しつつ、クローンを作成することも可能です。
[入力file]と[出力file]については、代わりにUUIDを使うこともできます。
ちなみにLinux/*BSD/PC-UNIXでは、パスも通っていると思われるので任意のディレクトリ上で実行可能、また、少なくともバージョン4.3.20では、何れも[/usr/bin/VBox]へのシムリンクになっているため、[vboxmanage]でも[VBoxManage]でも可ですが、Windowsの場合は、.exeの省略は可能なものの、大文字小文字混在で[VBoxManage.exe]とする必要があり、パスが通っていない(環境変数PATHにVBoxManage.exeのあるフォルダを追加していない)場合には、VBoxManage.exeのあるフォルダに移動してから実行する必要があります。